Быстрее, точнее, дешевле

Первые результаты казанцев подтверждены в Петербурге

Виктор Костюковский,
специальный корреспондент Русфонда,
руководитель проекта «Русфонд.Регистр»

Мы уже сообщали, что Русфонд и Институт фундаментальной медицины и биологии Казанского (Приволжского) федерального университета (ИФМБ КФУ) начали освоение нового для России метода типирования потенциальных доноров костного мозга. Эксперимент завершен, результат получен и подтвержден с помощью контроля качества, проведенного совместно с НИИ детской онкологии, гематологии и трансплантологии имени Р.М. Горбачевой (Санкт-Петербург).

Метод NGS (next-generation sequencing – секвенирование нового поколения) нашел применение во многих развитых странах в исследованиях в области онкологии, при диагностике онкологических и наследственных заболеваний. Он также зарекомендовал себя как наиболее быстрый, точный и наименее дорогой способ определения фенотипов потенциальных доноров костного мозга.

Для нашего Национального регистра доноров костного мозга имени Васи Перевощикова все составляющие этой триады – быстрее, точнее, дешевле – имеют огромное значение. Взять цену: типирование одного донора методом NGS уже обойдется вдвое дешевле, чем до сих пор. Стоимость реагентов, покупку которых финансируем мы с вами, дорогие читатели и телезрители, сейчас составляет 14 тыс. руб. Реагенты для NGS, как подтвердили в Казани, в расчете на одного донора – 7 тыс. руб. То есть в 2018-м с помощью NGS на 140 млн руб. мы сможем протипировать не 10 тыс. добровольцев, а не менее 20 тыс.

– Опыт получения HLA-фенотипов с помощью NGS освоен, – говорит старший научный сотрудник ИФМБ КФУ Елена Шагимарданова. – Контроль качества пройден, теперь до конца года надо выйти на проектную мощность – типирование 384 доноров в неделю.

Контроль качества делался так: лаборатория тканевого типирования Санкт-Петербургского НИИ имени Р.М. Горбачевой предоставила казанцам образцы ДНК 20 человек, протипированных с помощью классического секвенатора. Казанцы заново, уже с помощью NGS определили по этим ДНК фенотипы и прислали в Петербург результаты.

– Найдена всего одна ошибка, – рассказывает заведующая лабораторией тканевого типирования НИИ имени Р.М. Горбачевой Наталья Иванова. – Даже по весьма строгим меркам Европейской ассоциации иммуногенетиков (EFI) это положительный результат. В нашем же случае – в случае первого опыта – я считаю это очень хорошим результатом.

Почему для освоения метода была выбрана Казань?

– Надеюсь, не только потому, что у нас уже было оборудование для NGS и опыт работы на нем, – говорит директор ИФМБ КФУ Андрей Киясов. – Уверен, роль сыграла признанная Русфондом наша компетенция. Конечно, определение HLA-фенотипов, причем в массовом количестве, стало новой для нас задачей. Но она нам интересна как научно, так и по-человечески. Мы же понимаем, для чего делается регистр.

Новую задачу казанцы решали не только в лаборатории, но и в ходе стажировки сотрудников в Нидерландах и Германии – ее организовал Русфонд.

В германском регистре имени Стефана Морша нам рассказали, что на освоение NGS у них ушло около года. В Казани – четыре месяца. Что дальше? Мы надеемся, этот опыт будет повторен и в Петербурге, если будет на то добрая воля сотрудников НИИ имени Р.М. Горбачевой, руководства Первого Санкт-Петербургского государственного медуниверситета имени академика И.П. Павлова.

– Я была в лаборатории петербургского института, – говорит Елена Шагимарданова, – знакома с его сотрудниками, поэтому уверена: петербуржцы успешно освоят NGS.

Так же считает и Наталья Иванова. Результаты казанского опыта, признается она, обнадеживают и вселяют уверенность в успешном внедрении прогрессивного метода в Петербурге.